Zakaria terlibat dalam pelbagai kegiatan khususnya memberi khidmat rundingan, pandangan dan ceramah ilmiah berasaskan kepakaran kepada pelbagai agensi kerajaan dan swasta di peringkat kebangsaan dan serantau dalam perkara-perkara yang berkaitan dengan bidang tujahan dan kepakaran. Antara jawatankuasa yang sedang dianggotai adalah seperti berikut:

1. Timbalan Pengerusi Jawatankuasa Penapisan Bahan-bahan Penerbitan Berunsur Islam JAKIM (sejak 1995).
2. Ahli Lembaga Penasihat Penyelarasan Pelajaran dan Pendidikan Islam (LEPAI), JAKIM (Mac 2005-Mac 2008; 2014-kini).
3. Timbalan Pengerusi Majlis Dakwah Negara[4]
4. Pengerusi Panel Pakar Tasawuf JAKIM
5. Timbalan Pengerusi Panel Pakar Akidah JAKIM

Beliau juga terlibat menganggotai institusi kefatwaan di Malaysia, antaranya:

• Ahli Jawatankuasa Fatwa Kebangsaan Majlis Kebangsaan Bagi Hal Ehwal Ugama Islam Malaysia (Januari 2004-September 2017).
• Ahli Jawatankuasa Perundingan Hukum Syarak (Jawatankuasa Fatwa), Wilayah Persekutuan (2010-2013; 2013-2016; 2016-2019; 2019-kini).
• Ahli Jemaah Ulama Majlis Agama Islam dan Adat Istiadat Melayu Kelantan. (29 September 2018-28 September 2019; 29 September 2019-28 September 2020; 29 September 2020-28 September 2021)